Changeset 80 for aedes.m


Ignore:
Timestamp:
Feb 20, 2009, 3:06:07 PM (10 years ago)
Author:
tjniskan
Message:
  • Changed the historical "an2_" prefix to "aedes_" in all files. NOTE:

Any script or function relying to Aedes functions will be broken
because of this. Just do a search/replace from "an2_" to "aedes_" in
your files and all should be well...

  • Changed the name of an2_readtab.m to a more informative

aedes_readphasetable.m

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • aedes.m

    r78 r80  
    3131%
    3232%      %% Example 3
    33 %      DATA=an2_data_read;      % Read various image data to a DATA-structure
     33%      DATA=aedes_data_read;      % Read various image data to a DATA-structure
    3434%      aedes(DATA)       % Open data in Aedes
    3535%
     
    4545%
    4646% See also:
    47 %      AN2_DATA_READ, AN2_READFID, AN2_RESVIEWER, AN2_JUIGETFILES
     47%      AEDES_DATA_READ, AEDES_READFID, AEDES_RESVIEWER, AEDES_JUIGETFILES
    4848
    4949% Aedes - A graphical tool for analyzing medical images
     
    8686try
    8787  if getpref('Aedes','AutoCheckUpdates')
    88         Dat=an2_update('semiprompt');
     88        Dat=aedes_update('semiprompt');
    8989        if Dat
    9090          return
     
    243243%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
    244244function l_CheckUpdates(h,evd)
    245   done = an2_update('prompt');
     245  done = aedes_update('prompt');
    246246end
    247247
     
    286286  DefaultColor=get(0,'DefaultUicontrolBackgroundcolor');
    287287end
    288 GD=an2_gui_defaults;
     288GD=aedes_gui_defaults;
    289289GD.col.frame = DefaultColor;
    290290% Get screen size
     
    532532                 'enable','on');
    533533vnmredit_h = uimenu(tools_h,'Label','Edit VNMR defaults', ...
    534                    'callback','an2_readfidprefs',...
     534                   'callback','aedes_readfidprefs',...
    535535                   'enable','on');
    536536resview_h = uimenu(tools_h,'Label','Results Viewer', ...
    537                    'callback','an2_resviewer',...
     537                   'callback','aedes_resviewer',...
    538538                   'enable','on',...
    539539                   'separator','on');
     
    708708                      'callback','eval(get(gcbo,''userdata''))');
    709709set(help_about_h,'userdata',...
    710                  'an2_helpabout');
     710                 'aedes_helpabout');
    711711
    712712
     
    722722
    723723%% load CData for buttons
    724 btn_cdata = load('an2_cdata.mat');
     724btn_cdata = load('aedes_cdata.mat');
    725725H.btn_cdata = btn_cdata;
    726726%tmp=NaN(18,20,3);
     
    19751975if ShowPluginError
    19761976  errordlg(['Error: Could not initialize plugins menu. Please, check the ' ...
    1977             'file "an2_plugins.m".'],'Error initializing plugins','modal');
     1977            'file "aedes_plugins.m".'],'Error initializing plugins','modal');
    19781978end
    19791979
     
    20102010        filepath='';
    20112011  end
    2012   [filefilt,dataformats] = an2_getfilefilter;
     2012  [filefilt,dataformats] = aedes_getfilefilter;
    20132013 
    20142014  % Ask for a file
     
    20212021        end
    20222022  else
    2023         [f_name, f_path, f_index] = an2_juigetfiles( ...
     2023        [f_name, f_path, f_index] = aedes_juigetfiles( ...
    20242024          filefilt, ...
    20252025          'Select data file(s)',filepath);
     
    21092109if strcmpi(opt,'single') || length(f_name)==1
    21102110  try
    2111         DATA=an2_data_read([f_path{1},f_name{1}]);
     2111        DATA=aedes_data_read([f_path{1},f_name{1}]);
    21122112  catch
    21132113        h=errordlg({['Could not read file "',[f_path{1},f_name{1}],'"'],'',lasterr},...
     
    21232123  count=0;
    21242124  SkippedFiles={};
    2125   [h,txh]=an2_calc_wait({['Reading file 1/',...
     2125  [h,txh]=aedes_calc_wait({['Reading file 1/',...
    21262126        num2str(length(f_name))],'""'});
    21272127  for ii=1:length(f_name)
     
    21312131        drawnow
    21322132        try
    2133           tmp=an2_data_read([f_path{ii},f_name{ii}],'wbar','off');
     2133          tmp=aedes_data_read([f_path{ii},f_name{ii}],'wbar','off');
    21342134         
    21352135          % Determine from the first file if we are reading one slice data into
     
    22712271
    22722272catch
    2273   an2_errordump(lasterror);
     2273  aedes_errordump(lasterror);
    22742274end
    22752275end % function l_OpenFile(h,
     
    24152415   
    24162416    % Check if files exist
    2417     ind=an2_check_file_exist(filenames,fpath);
     2417    ind=aedes_check_file_exist(filenames,fpath);
    24182418    if any(ind)
    24192419      % Warn if some files are about to be overwritten
     
    24382438    if strcmpi(fileType,'MRI')
    24392439      done=true;
    2440       h=an2_wbar(0,sprintf('Saving slice 1/%d in MRI format...',nFiles));
     2440      h=aedes_wbar(0,sprintf('Saving slice 1/%d in MRI format...',nFiles));
    24412441      for ii=1:nFiles
    2442         an2_wbar(ii/nFiles,h,sprintf('Saving slice %d/%d in MRI format...',ii, ...
     2442        aedes_wbar(ii/nFiles,h,sprintf('Saving slice %d/%d in MRI format...',ii, ...
    24432443                                 nFiles))
    24442444        try
    2445                   an2_smiswrite(DATA{Dat.DataInd}.FTDATA(:,:,ii),...
     2445                  aedes_smiswrite(DATA{Dat.DataInd}.FTDATA(:,:,ii),...
    24462446                        [fpath,filenames{ii}])
    24472447        catch
     
    24522452     
    24532453    elseif strcmpi(fileType,'NIfTI')
    2454       h=an2_wbar(0,sprintf('Saving slice 1/%d in NIfTI format...',nFiles));
     2454      h=aedes_wbar(0,sprintf('Saving slice 1/%d in NIfTI format...',nFiles));
    24552455      for ii=1:nFiles
    2456         an2_wbar(ii/nFiles,h,sprintf('Saving slice %d/%d in NIfTI format...',ii, ...
     2456        aedes_wbar(ii/nFiles,h,sprintf('Saving slice %d/%d in NIfTI format...',ii, ...
    24572457                                 nFiles))
    2458         [done,msg]=an2_write_nifti(DATA{Dat.DataInd}.FTDATA(:,:,ii),...
     2458        [done,msg]=aedes_write_nifti(DATA{Dat.DataInd}.FTDATA(:,:,ii),...
    24592459                               [fpath,filenames{ii}],'DataType','single',...
    24602460                               'FileType',2,'Clim',Dat.SliceClim(Dat.DataInd,:));
     
    24622462     
    24632463    elseif  strcmpi(fileType,'Analyze 7.5')
    2464       h=an2_wbar(0,sprintf('Saving slice 1/%d in Analyze 7.5 format...',nFiles));
     2464      h=aedes_wbar(0,sprintf('Saving slice 1/%d in Analyze 7.5 format...',nFiles));
    24652465      for ii=1:nFiles
    2466         an2_wbar(ii/nFiles,h,sprintf('Saving slice %d/%d in Analyze 7.5 format...',ii, ...
     2466        aedes_wbar(ii/nFiles,h,sprintf('Saving slice %d/%d in Analyze 7.5 format...',ii, ...
    24672467                                 nFiles))
    2468         [done,msg]=an2_write_nifti(DATA{Dat.DataInd}.FTDATA(:,:,ii),...
     2468        [done,msg]=aedes_write_nifti(DATA{Dat.DataInd}.FTDATA(:,:,ii),...
    24692469                               [fpath,filenames{ii}],'DataType','single',...
    24702470                               'FileType',0,'Clim',Dat.SliceClim(Dat.DataInd,:));
     
    24742474  else
    24752475    if strcmpi(fileType,'NIfTI')
    2476       [h,txh]=an2_calc_wait('Saving image data in NIfTI format...');
    2477       [done,msg]=an2_write_nifti(DATA{Dat.DataInd}.FTDATA,...
     2476      [h,txh]=aedes_calc_wait('Saving image data in NIfTI format...');
     2477      [done,msg]=aedes_write_nifti(DATA{Dat.DataInd}.FTDATA,...
    24782478                             [fpath,fname],'filetype',2,...
    24792479                             'Clim',Dat.SliceClim(Dat.DataInd,:));
    24802480    elseif  strcmpi(fileType,'Analyze 7.5')
    2481       [h,txh]=an2_calc_wait('Saving image data in Analyze 7.5 format...');
    2482       [done,msg]=an2_write_nifti(DATA{Dat.DataInd}.FTDATA,...
     2481      [h,txh]=aedes_calc_wait('Saving image data in Analyze 7.5 format...');
     2482      [done,msg]=aedes_write_nifti(DATA{Dat.DataInd}.FTDATA,...
    24832483                             [fpath,fname],'filetype',0,...
    24842484                             'Clim',Dat.SliceClim(Dat.DataInd,:));
     
    25842584          all(Dat.ImageDim(:,2)/Dat.ImageDim(1,2))
    25852585       
    2586         [calc_h,txh]=an2_calc_wait({'Writing image data to file',
     2586        [calc_h,txh]=aedes_calc_wait({'Writing image data to file',
    25872587                            [fpath,fprefix,fext]});
    25882588       
     
    25962596       
    25972597        % Write data to NIfTI/Analyze75-file
    2598         [done,msg]=an2_write_nifti(data_mtx,[fpath,fprefix,fext],...
     2598        [done,msg]=aedes_write_nifti(data_mtx,[fpath,fprefix,fext],...
    25992599                               'FileType',fileType,'DataType', ...
    26002600                               'single');
     
    26242624     
    26252625      % Check if files exist
    2626       ind=an2_check_file_exist(filenames,fpath);
     2626      ind=aedes_check_file_exist(filenames,fpath);
    26272627      if any(ind)
    26282628        % Warn if some files are about to be overwritten
     
    26452645      end
    26462646     
    2647       h=an2_wbar(0,sprintf('Saving slice 1/%d in NIfTI format...',nFiles));
     2647      h=aedes_wbar(0,sprintf('Saving slice 1/%d in NIfTI format...',nFiles));
    26482648      for ii=1:nFiles
    2649         an2_wbar(ii/nFiles,h,sprintf('Saving slice %d/%d in NIfTI format...',ii, ...
     2649        aedes_wbar(ii/nFiles,h,sprintf('Saving slice %d/%d in NIfTI format...',ii, ...
    26502650                                 nFiles))
    2651         [done,msg]=an2_write_nifti(DATA{ii}.FTDATA,...
     2651        [done,msg]=aedes_write_nifti(DATA{ii}.FTDATA,...
    26522652                               [fpath,filenames{ii}],'DataType','single',...
    26532653                               'FileType',2,...
     
    26682668
    26692669catch
    2670   an2_errordump(lasterror);
     2670  aedes_errordump(lasterror);
    26712671end
    26722672end % function l_SaveImageData(h,
     
    28492849
    28502850catch
    2851   an2_errordump(lasterror);
     2851  aedes_errordump(lasterror);
    28522852end
    28532853end % function l_CloseFile(h,
     
    34023402
    34033403catch
    3404   an2_errordump(lasterror);
     3404  aedes_errordump(lasterror);
    34053405end
    34063406end % function l_Initialize(h,
     
    35393539
    35403540catch
    3541   an2_errordump(lasterror);
     3541  aedes_errordump(lasterror);
    35423542end
    35433543end % function l_DisplayData(h,
     
    35523552
    35533553% Call stack editor GUI
    3554 [filelist,rem_ind,add_ind,sort_ind] = an2_editstack(DATA);
     3554[filelist,rem_ind,add_ind,sort_ind] = aedes_editstack(DATA);
    35553555if isempty(filelist)
    35563556  return
     
    35813581skippedFiles={};
    35823582if any(add_ind)
    3583   [hCalcWait,txt_h] = an2_calc_wait('Reading new data files...');
     3583  [hCalcWait,txt_h] = aedes_calc_wait('Reading new data files...');
    35843584  ind=find(add_ind);
    35853585  for ii=ind
    3586     data=an2_data_read(filelist{ii});
     3586    data=aedes_data_read(filelist{ii});
    35873587    if isempty(data)
    35883588      fprintf(1,'Could not read data file "%s". Skipping file...\n',filelist{ii})
     
    36033603  SliceClim(empty_ind,:)=[];
    36043604 
    3605   % Remove an2_calc_wait
     3605  % Remove aedes_calc_wait
    36063606  delete(hCalcWait)
    36073607end
     
    36903690
    36913691catch
    3692   an2_errordump(lasterror);
     3692  aedes_errordump(lasterror);
    36933693end
    36943694end % function l_EditImageStack(h,
     
    40104010
    40114011catch
    4012   an2_errordump(lasterror);
     4012  aedes_errordump(lasterror);
    40134013end
    40144014end % function l_UpdateImageOverlay(h,
     
    40404040  % Read data
    40414041  try
    4042     tmp_data=an2_data_read([],'default_dir',default_dir);
     4042    tmp_data=aedes_data_read([],'default_dir',default_dir);
    40434043  catch
    40444044    h=errordlg({'Error loading image overlay!','',lasterr},...
     
    42734273
    42744274catch
    4275   an2_errordump(lasterror);
     4275  aedes_errordump(lasterror);
    42764276end
    42774277end % function l_LoadImageOverlay(h,
     
    42954295  %% Load default font and colors
    42964296  FigColor=get(0,'DefaultUicontrolBackgroundcolor');
    4297   GD=an2_gui_defaults;
     4297  GD=aedes_gui_defaults;
    42984298 
    42994299  % Overlay controls figure
     
    45264526 
    45274527catch
    4528   an2_errordump(lasterror);
     4528  aedes_errordump(lasterror);
    45294529end
    45304530%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
     
    46844684 
    46854685  catch
    4686         an2_errordump(lasterror);
     4686        aedes_errordump(lasterror);
    46874687  end
    46884688  end % function l_OverlayControlCB(h,
     
    48044804
    48054805catch
    4806   an2_errordump(lasterror);
     4806  aedes_errordump(lasterror);
    48074807end
    48084808end % function l_UpdateInfoText(h,
     
    48674867
    48684868catch
    4869   an2_errordump(lasterror);
     4869  aedes_errordump(lasterror);
    48704870end
    48714871end % function l_UpdateRoiInfoText(h,
     
    48924892
    48934893catch
    4894   an2_errordump(lasterror);
     4894  aedes_errordump(lasterror);
    48954895end
    48964896end % function l_InfoTextBackground(h,
     
    49244924
    49254925catch
    4926   an2_errordump(lasterror);
     4926  aedes_errordump(lasterror);
    49274927end
    49284928end % function l_ShowColorbar(h,
     
    51135113
    51145114catch
    5115   an2_errordump(lasterror);
     5115  aedes_errordump(lasterror);
    51165116end
    51175117end % function l_AxesPositions(h,
     
    52565256
    52575257catch
    5258   an2_errordump(lasterror);
     5258  aedes_errordump(lasterror);
    52595259end
    52605260end % function axpos=l_axpos(ax_ind,
     
    54365436
    54375437catch
    5438   an2_errordump(lasterror);
     5438  aedes_errordump(lasterror);
    54395439end
    54405440end % function l_ChangeSlice(h,
     
    54565456
    54575457catch
    5458   an2_errordump(lasterror);
     5458  aedes_errordump(lasterror);
    54595459end
    54605460end % function l_WindowButtonUpFcn(h,
     
    55405540
    55415541catch
    5542   an2_errordump(lasterror);
     5542  aedes_errordump(lasterror);
    55435543end
    55445544end % function l_ChangeSliderOrient(h,
     
    55825582
    55835583catch
    5584   an2_errordump(lasterror);
     5584  aedes_errordump(lasterror);
    55855585end
    55865586end % function l_ChangeVolume(h,
     
    56595659
    56605660catch
    5661   an2_errordump(lasterror);
     5661  aedes_errordump(lasterror);
    56625662end
    56635663end % function l_ChangeView(h,
     
    57495749 
    57505750  catch
    5751     an2_errordump(lasterror);
     5751    aedes_errordump(lasterror);
    57525752  end
    57535753  end % function l_ViewAxesUnits(h,
     
    58385838  baseline = mean(tsdata(1:20));
    58395839  tsdata = (tsdata./baseline-1)*100;
    5840   tt=an2_trendest(tsdata,10);
     5840  tt=aedes_trendest(tsdata,10);
    58415841  tt=tt(:).';
    58425842end
     
    59325932
    59335933catch
    5934   an2_errordump(lasterror);
     5934  aedes_errordump(lasterror);
    59355935end
    59365936
     
    59805980
    59815981catch
    5982   an2_errordump(lasterror);
     5982  aedes_errordump(lasterror);
    59835983end
    59845984end % function l_quit(h,
     
    60596059
    60606060catch
    6061   an2_errordump(lasterror);
     6061  aedes_errordump(lasterror);
    60626062end
    60636063end % function l_ShowHideCrossbars(h,
     
    61336133
    61346134catch
    6135   an2_errordump(lasterror);
     6135  aedes_errordump(lasterror);
    61366136end
    61376137end % function l_UpdateIntensityValue(h,
     
    62006200
    62016201catch
    6202   an2_errordump(lasterror);
     6202  aedes_errordump(lasterror);
    62036203end
    62046204end % function l_ResizeFcn(h,
     
    63216321
    63226322catch
    6323   an2_errordump(lasterror);
     6323  aedes_errordump(lasterror);
    63246324end
    63256325end % function l_SetImageSliders(h,
     
    63586358
    63596359catch
    6360   an2_errordump(lasterror);
     6360  aedes_errordump(lasterror);
    63616361end
    63626362end % function l_DragView(h,
     
    64986498
    64996499catch
    6500   an2_errordump(lasterror);
     6500  aedes_errordump(lasterror);
    65016501end
    65026502end % function l_Zoom(h,
     
    65486548    if Dat.DataRotation(ii)~=0
    65496549      rot=abs(Dat.DataRotation(ii)-4);
    6550       isRotEven = an2_iseven(rot);
     6550      isRotEven = aedes_iseven(rot);
    65516551     
    65526552      if ~isRotEven && Dat.DataFlip(ii)~=0
     
    65996599
    66006600  % Rotate/Flip Custom
    6601   Out = an2_rotateflip(DATA,squareImages);
     6601  Out = aedes_rotateflip(DATA,squareImages);
    66026602  if isempty(Out)
    66036603    return
     
    67646764  % Rotate DATA
    67656765  DATA{Dat.DataInd}.FTDATA = ...
    6766         an2_rot3d(DATA{Dat.DataInd}.FTDATA,k,dim);
     6766        aedes_rot3d(DATA{Dat.DataInd}.FTDATA,k,dim);
    67676767 
    67686768  % Rotate ROI
     
    67706770        for ii=1:length(ROI)
    67716771          ROI(ii).voxels{Dat.DataInd} = ...
    6772                 an2_rot3d(ROI(ii).voxels{Dat.DataInd},k,dim);
     6772                aedes_rot3d(ROI(ii).voxels{Dat.DataInd},k,dim);
    67736773        end
    67746774  end
     
    68926892
    68936893catch
    6894   an2_errordump(lasterror);
     6894  aedes_errordump(lasterror);
    68956895end
    68966896end % function l_Rotate(h,
     
    69316931
    69326932catch
    6933   an2_errordump(lasterror);
     6933  aedes_errordump(lasterror);
    69346934end
    69356935end % function l_ChangeColorbarLimits(h,
     
    69846984 
    69856985  catch
    6986     an2_errordump(lasterror);
     6986    aedes_errordump(lasterror);
    69876987  end
    69886988  end % function l_ChangeClim(h,
     
    70127012
    70137013catch
    7014   an2_errordump(lasterror);
     7014  aedes_errordump(lasterror);
    70157015end
    70167016end
     
    70667066
    70677067catch
    7068   an2_errordump(lasterror);
     7068  aedes_errordump(lasterror);
    70697069end
    70707070end
     
    72457245
    72467246catch
    7247   an2_errordump(lasterror);
     7247  aedes_errordump(lasterror);
    72487248end
    72497249end % function l_SetContrastBrightnessGamma(h,
     
    72937293
    72947294catch
    7295   an2_errordump(lasterror);
     7295  aedes_errordump(lasterror);
    72967296end
    72977297end % function l_SetAutoContrast(h,
     
    73897389 
    73907390catch
    7391   an2_errordump(lasterror);
     7391  aedes_errordump(lasterror);
    73927392end
    73937393end % function l_ColormapInvert(h,
     
    74197419
    74207420catch
    7421   an2_errordump(lasterror);
     7421  aedes_errordump(lasterror);
    74227422end
    74237423end % function l_ResetContrast(h,
     
    75357535
    75367536catch
    7537   an2_errordump(lasterror);
     7537  aedes_errordump(lasterror);
    75387538end
    75397539end % function l_DrawRemoveRoi(h,
     
    75597559done=false;
    75607560while ~done
    7561   resp=an2_inputdlg('Please give a descriptive label for the ROI','ROI Label?', ...
     7561  resp=aedes_inputdlg('Please give a descriptive label for the ROI','ROI Label?', ...
    75627562                    ['ROI ' num2str(length(ROI)+1)]);
    75637563  if isempty(resp)
     
    77127712
    77137713catch
    7714   an2_errordump(lasterror);
     7714  aedes_errordump(lasterror);
    77157715end
    77167716end % function l_RoiAdd(h,
     
    78217821
    78227822catch
    7823   an2_errordump(lasterror);
     7823  aedes_errordump(lasterror);
    78247824end
    78257825end % function l_RoiDelete(h,
     
    79137913
    79147914catch
    7915   an2_errordump(lasterror);
     7915  aedes_errordump(lasterror);
    79167916end
    79177917end % function l_RoiFill(h,
     
    79527952
    79537953catch
    7954   an2_errordump(lasterror);
     7954  aedes_errordump(lasterror);
    79557955end
    79567956end % function l_RoiView(h,
     
    80138013
    80148014catch
    8015   an2_errordump(lasterror);
     8015  aedes_errordump(lasterror);
    80168016end
    80178017end % function l_RoiUndo(h,
     
    82308230
    82318231catch
    8232   an2_errordump(lasterror);
     8232  aedes_errordump(lasterror);
    82338233end
    82348234end % function l_MoveRoi(h,
     
    82418241 
    82428242roi_ind = get(H.ROI_EDIT,'value');
    8243 [slice_ind,dir_ind,roilabel,copytype]=an2_roi_copy_gui(ROI,roi_ind);
     8243[slice_ind,dir_ind,roilabel,copytype]=aedes_roi_copy_gui(ROI,roi_ind);
    82448244
    82458245if isempty(slice_ind)
     
    82478247  return
    82488248end
    8249 [h,txh]=an2_calc_wait('Copying ROI(s)...');
     8249[h,txh]=aedes_calc_wait('Copying ROI(s)...');
    82508250
    82518251for ii=1:length(roilabel)
    82528252  % Add current ROI to undo buffer
    82538253  l_RoiUndoBuffer('add_indices',find(strcmp({ROI(:).label},roilabel{ii})),[]);
    8254   ROI = an2_copy_roi(ROI,roilabel{ii},dir_ind,slice_ind,Dat.CurrentVol, ...
     8254  ROI = aedes_copy_roi(ROI,roilabel{ii},dir_ind,slice_ind,Dat.CurrentVol, ...
    82558255                 Dat.DataInd,copytype);
    82568256end
     
    82678267
    82688268catch
    8269   an2_errordump(lasterror);
     8269  aedes_errordump(lasterror);
    82708270end
    82718271end % function l_RoiCopy(h,
     
    83498349      end
    83508350    end
    8351     [done,msg]=an2_saveres(tmp_data,tmp_roi,savefilename,'SaveType','roi',...
     8351    [done,msg]=aedes_saveres(tmp_data,tmp_roi,savefilename,'SaveType','roi',...
    83528352                       'waitbar',true);
    83538353  else
     
    83578357          rotateflip = Dat.RotateFlip3d;
    83588358        end
    8359     [done,msg]=an2_saveres(DATA,ROI,savefilename,'SaveType','roi',...
     8359    [done,msg]=aedes_saveres(DATA,ROI,savefilename,'SaveType','roi',...
    83608360                       'waitbar',true,'rotateflip',rotateflip);
    83618361  end
     
    83818381
    83828382catch
    8383   an2_errordump(lasterror);
     8383  aedes_errordump(lasterror);
    83848384end
    83858385end % function l_RoiSave(h,
     
    84418441        end
    84428442
    8443         % Show an2_calc_wait
    8444         [hCalcWait,txh]=an2_calc_wait({'Loading ROI(s) from',['"',f_path,f_name,'"']});
     8443        % Show aedes_calc_wait
     8444        [hCalcWait,txh]=aedes_calc_wait({'Loading ROI(s) from',['"',f_path,f_name,'"']});
    84458445
    84468446        % Store new directory in preferences
     
    88068806      l_RefreshRoi;
    88078807
    8808       % Check if an2_calc_wait window still exists
     8808      % Check if aedes_calc_wait window still exists
    88098809      if ~isempty(hCalcWait) && ishandle(hCalcWait)
    88108810        delete(hCalcWait)
     
    88168816
    88178817    catch
    8818       an2_errordump(lasterror);
     8818      aedes_errordump(lasterror);
    88198819    end
    88208820  end % function l_RoiLoad()
     
    88278827 
    88288828% Calculate results
    8829 Res = an2_roi_stats(DATA,ROI);
     8829Res = aedes_roi_stats(DATA,ROI);
    88308830if isempty(Res)
    88318831  h=errordlg('Unknown error: Statistics calculation failed!',...
     
    88348834end
    88358835
    8836 % Open results in an2_resviewer
    8837 an2_resviewer(Res)
     8836% Open results in aedes_resviewer
     8837aedes_resviewer(Res)
    88388838
    88398839catch
    8840   an2_errordump(lasterror);
     8840  aedes_errordump(lasterror);
    88418841end
    88428842end % function l_RoiViewStats(h,
     
    88808880
    88818881catch
    8882   an2_errordump(lasterror);
     8882  aedes_errordump(lasterror);
    88838883end
    88848884end % function l_RoiRotateFlip(h,
     
    88988898
    88998899%% Load default font and colors
    8900 GD=an2_gui_defaults;
     8900GD=aedes_gui_defaults;
    89018901
    89028902% ROI Labels
     
    90339033
    90349034catch
    9035   an2_errordump(lasterror);
     9035  aedes_errordump(lasterror);
    90369036end
    90379037end % function l_RoiComparisons(h,
     
    90569056  done=false;
    90579057  while ~done
    9058     new_label=an2_inputdlg('Give a new label for the ROI','New ROI Label?', ...
     9058    new_label=aedes_inputdlg('Give a new label for the ROI','New ROI Label?', ...
    90599059                           roilabel);
    90609060    if isempty(new_label)
     
    91049104 
    91059105catch
    9106   an2_errordump(lasterror);
     9106  aedes_errordump(lasterror);
    91079107end
    91089108end % function l_RoiRename(h,
     
    91259125
    91269126catch
    9127   an2_errordump(lasterror);
     9127  aedes_errordump(lasterror);
    91289128end
    91299129end % function l_UiRoiEdgesCB(h,
     
    92329232 
    92339233catch
    9234   an2_errordump(lasterror);
     9234  aedes_errordump(lasterror);
    92359235end
    92369236end % function l_ShowRoiEdges(h,
     
    93459345
    93469346catch
    9347   an2_errordump(lasterror);
     9347  aedes_errordump(lasterror);
    93489348end
    93499349end % function l_RefreshRoi(H,
     
    93879387
    93889388catch
    9389   an2_errordump(lasterror);
     9389  aedes_errordump(lasterror);
    93909390end
    93919391end % function l_SetRoiTransparency(h,
     
    96339633
    96349634catch
    9635   an2_errordump(lasterror);
     9635  aedes_errordump(lasterror);
    96369636end
    96379637end % function l_SetMouseGestures(h,
     
    97609760
    97619761catch
    9762   an2_errordump(lasterror);
     9762  aedes_errordump(lasterror);
    97639763end
    97649764end % function l_RoiUndoBuffer(opt,
     
    98429842
    98439843catch
    9844   an2_errordump(lasterror);
     9844  aedes_errordump(lasterror);
    98459845end
    98469846end % function l_ChangeColormap(h,
     
    98869886end
    98879887
    9888 an2_export_gui(DATA,ROI,clim,Dat.ColMap,Dat.RoiTransp,Dat.ShowRoiEdges,overlay)
     9888aedes_export_gui(DATA,ROI,clim,Dat.ColMap,Dat.RoiTransp,Dat.ShowRoiEdges,overlay)
    98899889
    98909890catch
    9891   an2_errordump(lasterror);
     9891  aedes_errordump(lasterror);
    98929892end
    98939893end % function l_ExportImages(h,
     
    99369936
    99379937catch
    9938   an2_errordump(lasterror);
     9938  aedes_errordump(lasterror);
    99399939end
    99409940end % function l_UnfoldData(h,
     
    1005910059
    1006010060catch
    10061   an2_errordump(lasterror);
     10061  aedes_errordump(lasterror);
    1006210062end
    1006310063end % function l_KeyPressFcn(h,
     
    1012510125        rotateflip = Dat.RotateFlip3d;
    1012610126  end
    10127   [done,msg]=an2_saveres(DATA,ROI,filename,'SaveType',filetype,...
     10127  [done,msg]=aedes_saveres(DATA,ROI,filename,'SaveType',filetype,...
    1012810128                     'waitbar',true,'rotateflip',rotateflip);
    1012910129  if ~done && iscell(msg)
     
    1014510145
    1014610146catch
    10147   an2_errordump(lasterror);
     10147  aedes_errordump(lasterror);
    1014810148end
    1014910149end % function l_SaveResults(h,
     
    1027010270
    1027110271catch
    10272   an2_errordump(lasterror);
     10272  aedes_errordump(lasterror);
    1027310273end
    1027410274end % function l_ExecutePlugin(h,
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.

Powered by Trac 1.0.9.Copyright © Juha-Pekka Niskanen 2008